Die Staatsanwaltschaft Köln ist in 8 Hauptabteilungen gegliedert, denen jeweils eine Oberstaatsanwältin bzw. ein Oberstaatsanwalt als Leitung zugeordnet ist. Jede Hauptabteilung besteht aus mehreren Abteilungen, die von Oberstaatsanwältinnen bzw. Oberstaatsanwälten geleitet werden. Den Abteilungen sind Serviceeinheiten, deren Anzahl sich durch einen Geschäftsverteilungsplan ergibt, zugeordnet.
Hauptabteilung A
Abteilung 5 (bisher V) Allgemeine Strafsachen
Abteilung 7 (bisher VII) Allgemeine Strafsachen sowie Rechtsanwaltssachen
Abteilung 8 (bisher VIII) Allgemeine Strafsachen sowie Amtsdelikte
Abteilung 12 (bisher XII) Politische Strafsachen und (bisher XIII) Zentralstelle für NS-Verbrechen
Hauptabteilung B
Abteilung 4 (bisher IV) Allgemeine Strafsachen sowie Häusliche Gewalt
Abteilung 6 (bisher VI) Allgemeine Strafsachen sowie Betriebsunfälle
Abteilung 10 (bisher X/A) Strafsachen der organisierten Kriminalität
Abteilung 11 (bisher X/B) Strafsachen der organisierten Kriminalität
Abteilung 18 (bisher XVIII) Rauschgiftsachen
Hauptabteilung C
Abteilung 3 (bisher III) Allgemeine Strafsachen sowie Ärztesachen
Abteilung 13 (bisher IX) Kapitalsachen sowie Leichen-, Brand- und Sprengstoffsachen
Abteilung 24 (bisher XXVII) Verkehr mit dem Ausland in strafrechtlichen Angelegenheiten
Hauptabteilung D
Abteilung 15 (bisher XIX) Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (inklusive Intensivtäter) sowie Verfahren gegen Justizbedienstete
Abteilung 16 (bisher XVI) Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (Haus des Jugendrechts) sowie Verfahren gegen Justizbedienstete
Abteilung 17 (bisher XVII) Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (Staatsanwälte "für den Ort")
Abteilung 23 (bisher XXII) Kölner Initiative für vernetzte Kriminalitätsbekämpfung
Abteilung 25 (bis XX/A) Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (inklusive Sexualdelikte)
Abteilung 26 (bis XX/B) Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (inklusive Sexualdelikte)
Hauptabteilung E
Abteilung 1 (bisher I) Allgemeine Strafsachen sowie Bahn-, Schifffahrts- und Luftfahrtssachen
Abteilung 2 (bisher II) Allgemeine Strafsachen sowie Rechtshilfe- und Auslandssachen
Abteilung 27 (bisher XI/110) Allgemeine Wirtschaftsstrafsachen
Abteilung 28 (bisher XI/112) Allgemeine Wirtschaftsstrafsachen
Abteilung 29 (bisher XI/116 und XI/117) Wirtschaftsstrafrechtliche Spezialgebiete und (bisher XI/118) Umweltschutzsachen und Gentechnik
Hauptabteilung F
Abteilung 19 (bisher XI/113) Steuerstrafsachen und Subventionsbetrug
Abteilung 20 (bisher XI/215) Steuerstrafsachen und Subventionsbetrug
Abteilung 21 (bisher XI/114) Korruptionsverfahren (als Schwerpunktstaatsanwaltschaft)
Abteilung 22 (bisher XI/115) Wirtschaftsstrafsachen (als Schwerpunktstaatsanwaltschaft)
Hauptabteilung G
Abteilung 30 (bisher 119) Internet- und Computerkriminalität
Abteilung 31 (bisher XXIII) ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung 32 (bisher XXIV) ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung 33 (bisher XXXIII) ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung 34 (bisher XXXIV) ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung 35 (bisher XXXV) ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Hauptabteilung H
Abteilung 36 (bisher XI/211) Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften
Abteilung 37 (bisher XI/212) Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften
Abteilung 38 (bisher XI/213) Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften
Abteilung 39 (bisher XI/214) Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften