Die Staatsanwaltschaft Köln ist in 8 Hauptabteilungen gegliedert, denen jeweils eine Oberstaatsanwältin bzw. ein Oberstaatsanwalt als Leitung zugeordnet ist. Jede Hauptabteilung besteht aus mehreren Abteilungen, die von Oberstaatsanwältinnen bzw. Oberstaatsanwälten geleitet werden. Den Abteilungen sind Serviceeinheiten, deren Anzahl sich durch einen Geschäftsverteilungsplan ergibt, zugeordnet.
Hauptabteilung A
Abteilung V Allgemeine Strafsachen
Abteilung VII Allgemeine Strafsachen sowie Rechtsanwaltssachen
Abteilung VIII Allgemeine Strafsachen sowie Amtsdelikte
Abteilung XII Politische Strafsachen
Abteilung XIII Zentralstelle für NS-Verbrechen
Abteilung XIV Verkehrs,- Schifffahrts- und Luftfahrtstrafsachen
Abteilung XV Verkehrs,- Schifffahrts- und Luftfahrtstrafsachen
Hauptabteilung B
Abteilung IV Allgemeine Strafsachen sowie Häusliche Gewalt
Abteilung VI Allgemeine Strafsachen sowie Betriebsunfälle
Abteilung X Strafsachen der organisierten Kriminalität
Abteilung XVIII Rauschgiftsachen
Hauptabteilung C
Abteilung III Allgemeine Strafsachen sowie Ärztesachen
Abteilung IX Kapitalsachen sowie Leichen-, Brand- und Sprengstoffsachen
Abteilung XXVII Verkehr mit dem Ausland in strafrechtlichen Angelegenheiten
Hauptabteilung D
Abteilung XVII Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (Staatsanwälte "für den Ort")
Abteilung XIX Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (inklusive Intensivtäter) sowie Verfahren gegen Justizbedienstete
Abteilung XX Verfahren gegen Jugendliche und Heranwachsende (inklusive Sexualdelikte)
Abteilung XXII Kölner Initiative für vernetzte Kriminalitätsbekämpfung
Hauptabteilung E
Abteilung I Allgemeine Strafsachen sowie Bahn-, Schifffahrts- und Luftfahrtssachen
Abteilung II Allgemeine Strafsachen sowie Rechtshilfe- und Auslandssachen
Abteilung XI/110 Allgemeine Wirtschaftsstrafsachen
Abteilung XI/112 Allgemeine Wirtschaftsstrafsachen
Abteilung XI/116 Wirtschaftsstrafrechtliche Spezialgebiete
Abteilung XI/117 Wirtschaftsstrafrechtliche Spezialgebiete
Abteilung XI/118 Umweltschutzsachen und Gentechnik
Hauptabteilung F
Abteilung XI/113 Steuerstrafsachen und Subventionsbetrug
Abteilung XI/114 Korruptionsverfahren (als Schwerpunktstaatsanwaltschaft)
Abteilung XI/115 Wirtschaftsstrafsachen (als Schwerpunktstaatsanwaltschaft)
Abteilung XI/213 Steuerstrafsachen und Subventionsbetrug
Hauptabteilung G
Abteilung XI/119 Internet- und Computerkriminalität
Abteilung XXIII ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung XXIV ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung XXXIII ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung XXXIV ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Abteilung XXXV ZAC - Zentral- und Ansprechstelle Cybercrime Nordrhein-Westfalen
Hauptabteilung H
Abteilung XI/211 Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften
Abteilung XI/212 Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften
Abteilung XI/213 Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften
Abteilung XI/214 Bearbeitung von Wirtschaftsstrafsachen in Zusammenhang mit sog. Cum/Ex-Geschäften